מלכתחילה מטרת הפרושים היתה להחליף את מוסד הכהונה, המיוסדת על בחירה בלעדית של ה׳ באהרון וזרעו, בסדר חברתי חדש שבסיסו דת אחרת. חפצם של חכמים־להרע אלו עלה בידם לאחר חורבן בית שני על ידי החלפת תורת משה שכתב ב׳תורה׳ אחרת, שבאמצעותה דחקו לשוליים את הכהונה, שהיתה אמונה על לימוד והוראת התורה ושמירת זמני הקודש. יד אחת עשו עם השלטון ופטרו עצמם מכפיפות לכהונה ואף התגברו עליה, ולקחו לעצמם סמכות לפרש את התורה ומצוותיה כשיטתם, על ידי שהעמידו את ריבונותם האנושית במוקד היצירה. ״עת לעשות לה׳״ הם אמרו, ועוותו את משמעותו האמיתית של הפסוק, והוא הצורך בהחזרת לב העם אל התורה הכתובה ותיקון החבלות בה, שעשו הם עצמם.
מבלי מורא השתתפו בעבודת המקדש ולקחו לעצמם חירות פרשנית שנשענה על ׳מסורת אבות׳, רק לא ציינו שהמקור למסורת זו בבית אביהם בבבל. במקביל, דאגו לצמצם את לימוד התורה הכתובה, והיתה ידם עם השלטון שאסר לקרוא בתורה, החרים את הספרים והרג את מי שסרב לכך. לא עוד נבואה, שירת הלל, תפילות וקינות, לא עוד צולחת רוח הקודש, או מתגלים מלאכים. לא במקרה ההחלטה לחתום את מסגרת 24 ספרי התנ״ך הוותה איסור עקיף ליצירת ספרות קודש.
לוח השנה המקראי שהוחזק ביד הכהנים עמד כסלע־נגף בדרכם ליצירת הנהגה מחייבת, שהרי שמירת המועדים הקפדנית היתה תלויה בפעילות הכהנים במקדש, כך מעידות ׳מגילות המשמרות׳ ומתארות עשרות שנות פעילות של 24 מחלקות הכהונה באותו סדר שסידרן דוד המלך ע״ה (דברי הימים א פרק כד).
אם כן, לא רק את הכהנים הצטרכו לסלק ולהרחיק מן ההנהגה אלא גם את ספרי הקודש העוסקים בחישוב הזמנים. ברצונם בלוח השנה הבבלי התואם לאמונתם, הפכו את הספרים המעידים על הזמן המקודש - כספר היובלים וספר חנוך - ל'ספרים חיצוניים' שהקריאה בהם נאסרה או נזכרה רק לשם גנאי והפחדה: ״אין לקורא בהם חלק לעולם הבא״ כתב עקיבא, וישתומם המשתומם איך זכה זה האדם, שאיש אינו יודע מוצאו, לכבוד כה גדול. ובאמת יוצרי תורת הבעל על כל הלכותיה, מדרשיה אגדותיה וסודותיה מבקשת להתנגד למצוות התורה הכתובה. כך גם בעניין חישוב הזמנים, יצרו צורך הלכתי בעדות אדם לראיית הירח וקידוש החודש, דבר שאין לו רמז בתורה.
הספרות הכהנית שנכתבה בזיקה מובהקת לבית צדוק: מגילת המקדש, מגילת מחלקות הכהונה ומגילת המועדים ועוד, קידשה את הזמנים על פי לוח בן 364 ימים בשנה המחולקים ל־12 חדשים ובהם חמישים ושתים שבתות. בלוח זה כל מועד חל ביומו הקבוע בשבוע ולא יסור ממנו בהתאמה לארועים מכוננים בחיי האבות כפי שמעיד ספר היובלים. הכהנים לבית צדוק האמונים על הנחלתם ושמירתם של כתבי הקודש שהועתקו ונלמדו וקויימו למעלה מאלף שנים, לא ויתרו בנקל על ספריית כתבי הקודש המסורה בידיהם מימי חנוך ועד לימים בהם אולצו לקיים את המועדים על פי הלוח הירחי.
למרבה השמחה גם על כך יש עדות כתובה. לאחר העזיבה יצרו קהילת קודש שיסודותיה מעוגנים ב׳מגילת עדת הצדק׳ שמהותה ושמה שובשו במנזר האקדמי לשם בעל זיקה נוצרית ׳ברית דמשק׳. מדובר בעדות מהימנה וחשובה ממקור כהני ישראל ולמתבונן הישר נקל להבין היא אחד מהכתובים החשובים מהתקופה החשוכה ההיא.
אך טבעי הוא שעם השתלטות ההגמוניה הפרושית עזבו הכהנים את עבודתם בקודש, וזאץ לא לפני שרוקנו את כתבי בית המקדש והחביאו את המגילות במערות קשות לגישה במדבר יהודה, שם יד האלהים והאקלים היבש הותירו רבות מהן ללא פגע.
בספריית מגילות הקודש שהוחבאה במספר קטן של מערות נמצאו עותקים רבים של ספרי התנ״ך המוכרים לנו כיום בנוסף לעותקים רבים מספר היובלים, ספר חנוך, צוואות ומגילות פנים־כהניות יחידאיות העוסקות בפעילות במקדש. רק עיסוק אינטנסיבי בכתבי הקודש והעתקות רבות של הכתובים יכול להסביר את מספר העותקים הגדול שנמצא במערות. אלו הנתונים הרשמיים: תהלות - 36, דברים - 26, חנוך א' - 25, בראשית - 24, ישעיהו - 21, ספר היובלים - 21 שמות - 18 ויקרא -17, וידבר - 11 מתרי עשר הנביאים - 10, דניאל - 8, ירמיהו - 6, יחזקאל - 6, איוב - 6, שמואל - 4.
פרופסור עמנואל טוב, חוקר מגילות ונוסח ידוע אמר בראיון לנחמיה גורדון: ״רק בקומראן יש נוסחים שונים מתקופות שונות. בכל האתרים האחרים, כמצדה ופוסטאט שבמצרים, יש רק נוסח אחד של תקופה אחת״. ובאמת, מי מלבד סופרים-כהנים שערכו ועדכנו את הכתובים יעז לשנות בקודש?
עם הכתובים הללו נמצאו מגילות העוסקות במובהק בפעילות במקדש בצמידות לתורת הכהנים שבספר ויקרא, ששייכותן לא תיתכן מחוץ לחוג הכהנים: כאמור מגילת מחלקות כהונה, מגילת מועדים, מגילת המקדש, מגילת מבנה המקדש (כתבתבנית המקדש שניתן לדוד מלכנו), מגילת הברכות, מגילת קורות ישראל ובנוסף צוואות יעקב ובניו, וצוואות שושלת לוי. אין בנמצא מגילות דומות להן באף אחד מאתרי המגילות השונים בארץ ובעולם.
במערות אחרות נמצאו מגילות השייכות לדת אחרת, אלו כתבי הכת הותיקה, כת האיסיים הסודית והחתרנית שעסקה במיסטיקה, כשף והתקשרות עם כוחות רוחניים שליליים. קהילת גברים בעלת תנאי קבלה והתנהגות מחמירים קרובים למסדרים קיצוניים בנצרות. מסיבה חתרנית בעליל, מבקשים חוקרים להכליל את כל הממצאים מאזור ים המלח כ׳ספרי קודש׳, אך נקל למשכיל בכתבי ישראל הטהורים והמזוקקים להבדיל בין הכתובים.
עינינו הרואות שכיום אנשי הרוח באקדמיה הם עושי דברם של הפרושים וממשיכי דרכם. הם אלו שמרחיקים את העם מן הקודש באותן שיטות ממש, מאז ועד היום הזה.