על קורות השומרונים ומעשיהם אנו למדים מספר מלכים, שם מוסבר מנין הגיעו ולמה, מה היו קורותיהם מזמן שליחתם לשומרון ועד עתה וגם מהי דתם. בהמשך בספר עזרא נלמד איך היו לאבן־נגף בזמן הקמת בית המקדש, לאחר שיבת ציון מבבל.
בעקבות חטאי ישראל שלאחר התפצלות הממלכה, הגלה ה׳ את ישראל לאשור:
וַיֵּלְכוּ בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בְּכָל חַטֹּאות יָרָבְעָם אֲשֶׁר עָשָׂה לֹא סָרוּ מִמֶּנָּה: עַד אֲשֶׁר הֵסִיר יְהוָה אֶת יִשְׂרָאֵל מֵעַל פָּנָיו כַּאֲשֶׁר דִּבֶּר בְּיַד כָּל עֲבָדָיו הַנְּבִיאִים וַיִּגֶל יִשְׂרָאֵל מֵעַל אַדְמָתוֹ אַשּׁוּרָה עַד הַיּוֹם הַזֶּה:
מלך אשור החליף אוכלוסיות - את יושבי המדינות שכבש שלח לישראל, ואת עשרת השבטים שם במקומם:
וַיָּבֵא מֶלֶךְ אַשּׁוּר מִבָּבֶל וּמִכּוּתָה וּמֵעַוָּא וּמֵחֲמָת וּסְפַרְוַיִם וַיֹּשֶׁב בְּעָרֵי שֹׁמְרוֹן תַּחַת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וַיִּרְשׁוּ אֶת שֹׁמְרוֹן וַיֵּשְׁבוּ בְּעָרֶיהָ:
כשהגיעו אלו לארץ, לא יראו את אלהינו, לא ידעו את משפטי הארץ הקשורים לשבּת, שמיטה, עריות ושפיכת דם - אלו המעשים שהארץ אינה סובלתם - וה׳ הרג בהם:
וַיְהִי בִּתְחִלַּת שִׁבְתָּם שָׁם לֹא יָרְאוּ אֶת יְהוָה וַיְשַׁלַּח יְהוָה בָּהֶם אֶת הָאֲרָיוֹת וַיִּהְיוּ הֹרְגִים בָּהֶם: וַיֹּאמְרוּ לְמֶלֶךְ אַשּׁוּר לֵאמֹר הַגּוֹיִם אֲשֶׁר הִגְלִיתָ וַתּוֹשֶׁב בְּעָרֵי שֹׁמְרוֹן לֹא יָדְעוּ אֶת מִשְׁפַּט אֱלֹהֵי הָאָרֶץ וַיְשַׁלַּח בָּם אֶת הָאֲרָיוֹת וְהִנָּם מְמִיתִים אוֹתָם כַּאֲשֶׁר אֵינָם יֹדְעִים אֶת מִשְׁפַּט אֱלֹהֵי הָאָרֶץ:
מלך אשור הוליך לשומרון כהן שלימד אותם את משפט האל:
וַיְצַו מֶלֶךְ אַשּׁוּר לֵאמֹר הֹלִיכוּ שָׁמָּה אֶחָד מֵהַכֹּהֲנִים אֲשֶׁר הִגְלִיתֶם מִשָּׁם וְיֵלְכוּ וְיֵשְׁבוּ שָׁם וְיֹרֵם אֶת מִשְׁפַּט אֱלֹהֵי הָאָרֶץ: וַיָּבֹא אֶחָד מֵהַכֹּהֲנִים אֲשֶׁר הִגְלוּ מִשֹּׁמְרוֹן וַיֵּשֶׁב בְּבֵית אֵל וַיְהִי מוֹרֶה אֹתָם אֵיךְ יִירְאוּ אֶת יְהוָה:
ואז היו עובדים את ה׳ בשיתוף עם עבודות התועבה של אליליהם:
וַיִּהְיוּ עֹשִׂים גּוֹי גּוֹי אֱלֹהָיו וַיַּנִּיחוּ בְּבֵית הַבָּמוֹת אֲשֶׁר עָשׂוּ הַשֹּׁמְרֹנִים גּוֹי גּוֹי בְּעָרֵיהֶם אֲשֶׁר הֵם יֹשְׁבִים שָׁם: וְאַנְשֵׁי בָבֶל עָשׂוּ אֶת סֻכּוֹת בְּנוֹת וְאַנְשֵׁי כוּת עָשׂוּ אֶת נֵרְגַל וְאַנְשֵׁי חֲמָת עָשׂוּ אֶת אֲשִׁימָא: וְהָעַוִּים עָשׂוּ נִבְחַז וְאֶת תַּרְתָּק וְהַסְפַרְוִים שֹׂרְפִים אֶת בְּנֵיהֶם בָּאֵשׁ לְאַדְרַמֶּלֶךְ וַעֲנַמֶּלֶךְ אֱלֹהֵי סְפַרְוָיִם: וַיִּהְיוּ יְרֵאִים אֶת יְהוָה וַיַּעֲשׂוּ לָהֶם מִקְצוֹתָם כֹּהֲנֵי בָמוֹת וַיִּהְיוּ עֹשִׂים לָהֶם בְּבֵית הַבָּמוֹת: אֶת יְהוָה הָיוּ יְרֵאִים וְאֶת אֱלֹהֵיהֶם הָיוּ עֹבְדִים כְּמִשְׁפַּט הַגּוֹיִם אֲשֶׁר הִגְלוּ אֹתָם מִשָּׁם:
מספר עזרא, כמה מאות שנים לאחר בואם של השומרונים, התבסס מאד מעמדם בין הגויים שכן הארץ הייתה ריקה גם מאנשי יהודה. בעת הזו גילו את פניהם האמיתיות - הם נתנו יד עם שונאי ישראל בכך שחיבלו בעבודת בניית החומות וחידוש המקדש ושלחו שקרים למלך פרס. בחוצפתם, הם ביקשו לבנות עם ישראל את בית המקדש בטענה שהם עובדים את ה׳:
וַיִּשְׁמְעוּ צָרֵי יְהוּדָה וּבִנְיָמִן כִּי בְנֵי הַגּוֹלָה בּוֹנִים הֵיכָל לַיהוָה אֱלֹהֵי יִשְׂרָאֵל: וַיִּגְּשׁוּ אֶל זְרֻבָּבֶל וְאֶל רָאשֵׁי הָאָבוֹת וַיֹּאמְרוּ לָהֶם נִבְנֶה עִמָּכֶם כִּי כָכֶם נִדְרוֹשׁ לֵאלֹהֵיכֶם וְלוֹ אֲנַחְנוּ זֹבְחִים מִימֵי אֵסַר חַדֹּן מֶלֶךְ אַשּׁוּר הַמַּעֲלֶה אֹתָנוּ פֹּה:
ראשי ישראל ובינהם זרובבל מזרע דוד סרבו, בטענה שבית אלהי ישראל יבנה בידי ישראל העובדים אל אחד:
וַיֹּאמֶר לָהֶם זְרֻבָּבֶל וְיֵשׁוּעַ וּשְׁאָר רָאשֵׁי הָאָבוֹת לְיִשְׂרָאֵל לֹא לָכֶם וָלָנוּ לִבְנוֹת בַּיִת לֵאלֹהֵינוּ כִּי אֲנַחְנוּ יַחַד נִבְנֶה לַיהוָה אֱלֹהֵי יִשְׂרָאֵל כַּאֲשֶׁר צִוָּנוּ הַמֶּלֶךְ כּוֹרֶשׁ מֶלֶךְ פָּרָס:
במשך שנים רבות הם חיבלו בבניית המקדש:
וַיְהִי עַם הָאָרֶץ מְרַפִּים יְדֵי עַם יְהוּדָה וּמְבַלְהִים אוֹתָם לִבְנוֹת: וְסֹכְרִים עֲלֵיהֶם יוֹעֲצִים לְהָפֵר עֲצָתָם כָּל יְמֵי כּוֹרֶשׁ מֶלֶךְ פָּרַס וְעַד מַלְכוּת דָּרְיָוֶשׁ מֶלֶךְ פָּרָס: וּבְמַלְכוּת אֲחַשְׁוֵרוֹשׁ בִּתְחִלַּת מַלְכוּתוֹ כָּתְבוּ שִׂטְנָה עַל יֹשְׁבֵי יְהוּדָה וִירוּשָׁלִָם: (עזרא ד)
ואכן עד היום השומרונים מחזיקים בתורה ובספר יהושע (ומוכיחים אגב כך שספר יהושע שייך לתורה), מקדשים את הר גריזים ועובדים אל מול מקדש ישן ומעליו כנסיה; השומרונים אינם מכירים בירושלים כעיר הקודש.
השומרונים טוענים להיותם כהנים מזרע אהרן, וזאת משום שאבותיהם אכן היו כהנים שלקחו נשים נכריות: מדובר ברבים מהכהנים השרים, העובדים בקודש שהתערבו עם הגויים ונשאו מהן נשים והולידו ילדים, רשימות היחס של המתבוללים כתובות בספר עזרא בפירוט:
וּכְכַלּוֹת אֵלֶּה נִגְּשׁוּ אֵלַי הַשָּׂרִים לֵאמֹר לֹא נִבְדְּלוּ הָעָם יִשְׂרָאֵל וְהַכֹּהֲנִים וְהַלְוִיִּם מֵעַמֵּי הָאֲרָצוֹת כְּתוֹעֲבֹתֵיהֶם לַכְּנַעֲנִי הַחִתִּי הַפְּרִזִּי הַיְבוּסִי הָעַמֹּנִי הַמֹּאָבִי הַמִּצְרִי וְהָאֱמֹרִי: כִּי נָשְׂאוּ מִבְּנֹתֵיהֶם לָהֶם וְלִבְנֵיהֶם וְהִתְעָרְבוּ זֶרַע הַקֹּדֶשׁ בְּעַמֵּי הָאֲרָצוֹת וְיַד הַשָּׂרִים וְהַסְּגָנִים הָיְתָה בַּמַּעַל הַזֶּה רִאשׁוֹנָה: (עזרא ט, א-ב)
אך בעצת שכניה בן יחיאל שאמר לעזרא הכהן הסופר:
וְעַתָּה נִכְרָת בְּרִית לֵאלֹהֵינוּ לְהוֹצִיא כָל נָשִׁים וְהַנּוֹלָד מֵהֶם בַּעֲצַת אֲדֹנָי וְהַחֲרֵדִים בְּמִצְוַת אֱלֹהֵינוּ וְכַתּוֹרָה יֵעָשֶׂה:.. וַיַּעֲשׂוּ כֵן בְּנֵי הַגּוֹלָה וַיִּבָּדְלוּ עֶזְרָא הַכֹּהֵן אֲנָשִׁים רָאשֵׁי הָאָבוֹת לְבֵית אֲבֹתָם וְכֻלָּם בְּשֵׁמוֹת וַיֵּשְׁבוּ בְּיוֹם אֶחָד לַחֹדֶשׁ הָעֲשִׂירִי לְדַרְיוֹשׁ הַדָּבָר:...וַיְכַלּוּ בַכֹּל אֲנָשִׁים הַהֹשִׁיבוּ נָשִׁים נָכְרִיּוֹת עַד יוֹם אֶחָד לַחֹדֶשׁ הָרִאשׁוֹן:
בניהם שגורשו יחד עם אמותם הם הטוענים לכהונה אף על פי שאינם נמנים על ישראל, הם ממזרים – בני נשים זרות – לֹא יָבֹא מַמְזֵר בִּקְהַל יְהוָה גַּם דוֹר עֲשִׂירִי לֹא יָבֹא לוֹ בִּקְהַל יְהוָה׃ (דברים כג, ג)
והם מקריבים קרבנות ככהנים אף על פי שאין מקדש, והדבר אסור:
וְהָיָה הַמָּקוֹם אֲשֶׁר יִבְחַר יְהוָה אֱלֹהֵיכֶם בּוֹ לְשַׁכֵּן שְׁמוֹ שָׁם שָׁמָּה תָבִיאוּ אֵת כׇּל אֲשֶׁר אָנֹכִי מְצַוֶּה אֶתְכֶם עוֹלֹתֵיכֶם וְזִבְחֵיכֶם מַעְשְׂרֹֽתֵיכֶם וּתְרֻמַת יֶדְכֶם וְכֹל מִבְחַר נִדְרֵיכֶם אֲשֶׁר תִּדְּרוּ לַיהוָה׃ (דברים יב, יא).
אין הם חלק מישראל אלא עובדי אלילים והמקרא מלמדנו שהם צרינו הנצחיים, ולעולם יצטרפו לקמים עלינו, ואל לנו לשכוח זאת.
וַיִּהְיוּ הַגּוֹיִם הָאֵלֶּה יְרֵאִים אֶת יְהוָה וְאֶת פְּסִילֵיהֶם הָיוּ עֹבְדִים גַּם בְּנֵיהֶם וּבְנֵי בְנֵיהֶם כַּאֲשֶׁר עָשׂוּ אֲבֹתָם הֵם עֹשִׂים עַד הַיּוֹם הַזֶּה: (מלכים ב׳ יז)