על העובדה שקדושת גן העדן היא כקדושת המקדש למדנו מתוך ספר היובלים: ״ויהי כאשר מלאו לאדם ארבעים יום על האדמה אשר בה נברא ונביאהו אל גן עדן לשמרו ואת אשתו הביאו אחר היום השמונים אל גן העדן: על כן נכתבה המצווה על חקת השמים ליולדת אם זכר ילדה תשב בטומאתה כשבעת הימים הראשונים ושלשים ושלושה ימים תשב בדם טהרה ובכל קודש לא תיגע ואל המקדש לא תבוא עד כלותה את הימים האלה אשר לזכר: ואם ילדה נקבה תשב עוד שבוע כשבוע הראשון בטמאתה ושישים יום ושישה ימים תשב בדם טהרה והיו כלם שמונים יום: וככלותה שמונים יום אלה הבאנוהָ אל גן עדן כי קדוש הוא מכל האדמה וכל עץ אשר ניטע בו קדוש: (יובלים ג)
גם בתורה מצאנו שהגן היה מקום שכינת האלהים בארץ: וַיִּשְׁמְעוּ אֶת קוֹל יְהֹוָה אֱלֹהִים מִתְהַלֵּךְ בַּגָּן לְרוּחַ הַיּוֹם: ושכינת אלהים בארץ, כפי שלמדנו מפרשות בניית המשכן, אינה מאפשרת סביבה טומאה משום סוג. לאחר חטאם גורשו האדם ואשתו מן הגן, ובאמת לא היו יכולים לקיים חיי נישואים בוגרים בתוך הגן. מסיבה זו עתה כשנפקחו עיני שניהם וידעו כי ערומים הם, כלומר הפכו למודעים למיניותם [לטומאה הכרוכה בקיום המין] בלתי אפשרי היה להם לחיות בתוך הגן.
קודש הקודשים משתקף בגן עדן:
וַיְגָרֶשׁ אֶת הָאָדָם - איש מלבד הכהן הגדול אינו יכול להכנס לקודש הקודשים (הכניסה מותרת פעם בשנה ביום הכפורים). הכהן מכונה מלאך: כִּי שִׂפְתֵי כֹהֵן יִשְׁמְרוּ דַעַת וְתוֹרָה יְבַקְשׁוּ מִפִּיהוּ כִּי מַלְאַךְ יְהוָה צְבָאוֹת הוּא: (מלאכי ב, ז)
וַיַּשְׁכֵּן מִקֶּדֶם לְגַן עֵדֶן אֶת הַכְּרֻבִים - על על ארון הברית בקודש הקודשים סוככו 2 כרובים: וַיִּהְיוּ הַכְּרֻבִים פֹּרְשֵׂי כְנָפַיִם לְמַעְלָה סֹכֲכִים בְּכַנְפֵיהֶם עַל הַכַּפֹּרֶת וּפְנֵיהֶם אִישׁ אֶל אָחִיו: (שמות לז, ט)
וְאֵת לַהַט הַחֶרֶב הַמִּתְהַפֶּכֶת - ההורגת, כפי שנאמר לישראל על גשת מי שאינו כהן לקודש: וְהַזָּר הַקָּרֵב יוּמָת׃
לִשְׁמֹר אֶת דֶּרֶךְ עֵץ הַחַיִּים - היא התורה, שהרי בארון ישנם אך שני דברים: לוחות הברית והתורה: אֵין בָּאָרוֹן רַק שְׁנֵי הַלֻּחוֹת אֲשֶׁר נָתַן מֹשֶׁה בְּחֹרֵב אֲשֶׁר כָּרַת יְהוָה עִם בְּנֵי יִשְׂרָאֵל בְּצֵאתָם מִמִּצְרָיִם: (דברי הימים ב, ז, י) וכן בצד הארון מונחת התורה: לָקֹחַ אֵת סֵפֶר הַתּוֹרָה הַזֶּה וְשַׂמְתֶּם אֹתוֹ מִצַּד אֲרוֹן בְּרִית יְהֹוָה אֱלֹהֵיכֶם וְהָיָה שָׁם בְּךָ לְעֵד: (דברים לא, כו) ואכן התורה היא עץ החיים ועליה נאמר: עֵץ חַיִּים הִיא לַמַּחֲזִיקִים בָּהּ: (משלי ג, יח) והכהנים שהם מלאכי ה׳ צבאות הם שומרי התורה והדעת.
אם הגן הוא קודש, אזי עץ החים הוא קודש הקדשים, ככתוב: וְעֵץ הַחַיִּים בְּתוֹךְ הַגָּן.
אחרי שגורשו האדם ואשתו מן הגן הקדוש לקיים חיי דעת טוב ורע מחוצה לו, שם ה׳ מלאכים לשמור את עץ החיים למען לא יאכל האדם וחי לעולם מבלי שהרוויח זאת על ידי שמיעה בקול ה׳. וזהו התנאי - אם ישמור האדם את התורה יזכה לחיי נצח בגן ה׳, ואם לאו יהיה מגורש מן הגן. והחרב היא המוות, שכן לא ידע האדם את הגן ועדניו אלא אחרי מותו.
אחרי כל זאת - מה עוד יש צורך בגן שיהיה מקומו עלי ארץ אם אין איש בא בו? ומה צורך יש בבית מקדש אם לא נשמרת בארץ הברית - היא התורה? על כן נבין שהגן נגנז ואיננו בארץ עוד.
תוספות מספר חנוך
עץ הדעת במסעות חנוך - ״ואבוא אל גן הצדק וארא עצים גדולים צומחים שם יפים מאד ויקרים וריחם טוב ועץ הדעת טוב ורע אשר ממנו יאכלו וידעו דעת רבה: העץ ההוא דומה בגבהו לאשוח ועליו דומים לעלי חרוב ופריו לאשכולות גפן יפה מאד וריח העץ נודף למרחוק ואומר מה יפה העץ ומה נחמד מראהו: ויענני רפאל המלאך הקדוש אשר איתי ויאמר אלי הוא עץ הדעת אשר ממנו אכלו אביך הזקן ואמך הזקנה לפניך וילמדו דעת טוב ורע ועינהם נפקחו וידעו כי ערומים הם ויגורשו מן הגן:״ (חנוך טו)
חנוך יושב בגן - ״וילקח מתוך בני האדם ונוליכהו אל גן עדן לגדוּלה ולכבוד והנהו שם כותב דין ומשפט וכל רעת בני האדם לְעולם:״
באחרית הימים יאכלו הצדיקים מעץ החיים אשר בגן - ״ואז יקים ה׳ כהן חדש אשר לו יגלו כל אמרות ה׳ והוא יעשה משפט אמת עלי אדמות במלאת הימים... ולעת כהונתו ירבו העמים דעת על האדמה ובכהונתו יתם החטא והרשעים יחדלו הרע והצדיקים ינוחו. והוא יפתח את שערי גן עדן ויסיר את החרב המפחידה את האדם ויתן לקדושים לאכול מעץ החיים.״ (צוואת לוי יב)
